日本保育園医協議会の設立
保育所保育の内容が、個々の園児の保健の問題へと傾斜していくにしたがって、園医からその対応の声が高まってきました。「日本保育園医協議会」が全国組織として設立されました。初代会長は東京慈恵会医科大学小児科国分義行教授で、東京医科歯科大学において「全国保育園医連絡懇話会」が開かれました。当日は厚生省からも担当官の出席があり、本協議会に対して励ましの言葉をいただきました。
1989年（平成元年）1月22日
東京「こどもの城」にて「第1回日本保育園医協議会学術集会（大木師磋生会頭）」が開かれました。
1994年（平成6年）10月23日
第6回日本保育園医協議会学術集会を最後に、会員を保育園保健に関係するあらゆる職種の人たちへと拡大し、会の名称から「医」を削除して今日の「日本保育園保健協議会」となりました。
初代会長 巷野悟郎 就任
一般社団法人 日本保育園保健協議会の発足
1995年（平成7年）前半
「日本保育園保健協議会」の設立に当たっては、当時日本医師会の「乳幼児保健検討委員会」が保育園の問題について担当していたので、本協議会との役割を調整する必要がありました。これについては当時学校保健会で活躍なさっていた日本大学小児科大国真彦教授のご尽力もいただいて、本協議会との関係が整理されました。そして「日本保育園保健協議会」は、規約に「本会は保育園児の健康の維持ならびに小児保健向上に寄与することを目的とする」と定めました。
1995年（平成7年）8月
保育と保健ニュース NO.1 を発刊
1995年（平成7年）11月11、12日
全国社会福祉協議会灘尾ホール（東京都）で第1回日本保育園保健学会（会頭平井信義教授）を開催し、以後毎年、全国各地で開催しています。
1996年（平成8年）1月
機関誌「保育と保健」第1巻を発刊
1998年（平成10年）
「保育保健研究助成金」制度、「保育保健賞」制度を発足
2001年（平成13年）4月
ホームページを開設
2005年（平成17年）11月
生涯研修システムの運用開始
2007年（平成19年）
第2代会長 鴨下重彦 就任
2011年（平成23年）4月1日
一般社団法人として登記される。
2011年（平成23年）5月15日
設立社員総会が開催され、冒頭に厚生労働省 保育課長から励ましのお言葉をいただきました。
2012年（平成24年）
第3代会長 遠藤郁夫 就任
一般社団法人 日本保育保健協議会に名称変更
2015年（平成27年）6月
一般社団法人 日本保育園保健協議会から一般社団法人 日本保育保健協議会に名称変更
名称変更は、同年施行の「子ども子育て支援新制度」に伴う認定こども園の増加によります。
第4代会長 三浦義孝 就任
2020年（令和2年）
各委員会主催のオンライン講座の運用開始
2021年（令和3年）6月
第5代会長 藤田 位 就任
2021年（令和3年）8月
メールマガジンの配信開始